使用MolAICal快速进行从头药物设计
作者:MolAICal (update 2020-07-08)

更多教程(含英文教程)请见如下:
MolAICal官方主页: https://molaical.github.io
MolAICal官方主页中国镜像: https://molaical.gitee.io
MolAICal 文章介绍: https://arxiv.org/abs/2006.09747 https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161
MolAICal中文博客: https://molaical.gitee.io/cntutorial.html

 

简介
本教程选择Mpro作为研究实例来介绍MolAICal从头药物设计的功能。Mpro的晶体结构已经被科学家解析出来 (PDB ID: 6LU7, 6Y2F, etc)(如图1所示),具体实例介绍可以参考:https://molaical.github.io/quickstart.html

  
1. 蛋白受体Mpro的结构

工具
1. 所需软件下载地址
1) MolAICal: https://molaical.github.io
MolAICal官方主页中国镜像: https://molaical.gitee.io
2) UCSF Chimera: https://www.cgl.ucsf.edu/chimera
请确保软件的正确安装。

2. 示例文件
软件操作教程中示例文件下载地址如下:
https://gitee.com/molaical/tutorials/tree/master/000-quickStart

操作流程
1. 下载并打开教程文件“InputParFile.dat”文件, 本教程需要对四个参数进行修改,修改内容如下:
------------------------------------------------------------------------------------------
receptorPDB                          mproNolig.pdb
startFragFile                            startFrag.mol2
centerPoints                         -10.733 12.416 68.829
boxLengthXYZ                    30.0 30.0 30.0
-------------------------------------------------------------------------------------------
将“receptorPDB” 设置为无配体结合的Mpro结构文件。将“startFragFile”设置为初始片段。“centerPoints”和“boxLengthXYZ” 分别代表盒子中心和长度。

2. 下载并打开教程文件夹“000-quickStart”, 运行如下命令:
#> molaical.exe -denovo grow -i InputParFile.dat

结果
计算结果保存在名为“001-AIGrow/results”的文件夹中。“AstatisticsFile.dat”文件记录了所设计配体的contain ID, Name, Cluster, Affinity, Formula, InChIKey等信息。此文件只是对结果的一个简单演示,不含完整运算结果。完整结果可以在所有运算结束后获得。打开蛋白受体的配体N3晶体结构文件ligand.mol2,及软件生成的配体结构文件lig_11.mol2,如图2所示:

2. 软件设计的Mpro配体结构(白色)和Mpro抑制剂N3的晶体结构(红色)

 

更详细的教程,打开网址:https://molaical.gitee.io/cntutorial.html,请参考教程“2. 使用MolAICal的深度学习模型和经典算法程序进行GCGR的从头药物设计”。